新たに出現したSARS-CoV-2変異株の公衆衛生モニタリングマーカーとしての診断アッセイにおけるスパイク遺伝子標的の増幅 ― アメリカ、2021年11月～2023年1月

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MMWR抄訳

2023/02/03Vol. 72 / No. 5

MMWR72(5):125－127
Spike Gene Target Amplification in a Diagnostic Assay as a Marker for Public Health Monitoring of Emerging SARS-CoV-2 Variants — United States, November 2021–January 2023

新たに出現したSARS-CoV-2変異株の公衆衛生モニタリングマーカーとしての診断アッセイにおけるスパイク遺伝子標的の増幅 ― アメリカ、2021年11月～2023年1月

新たなSARS-CoV-2亜系統株の出現とその疫学上の特性をモニタリングすることは、ワクチンの方針、治療の利用、医療の受け入れ能力に関する公衆衛生上の判断に情報をもたらすのに役立つ。2020年後半にSARS-CoV-2アルファ変異株が出現した際、N末端ドメインのスパイク(S)遺伝子の欠失(Δ69-70)が感染性を減弱する免疫逃避型変異を補う可能性があり、その結果、特定のRT-PCR検査アッセイではS遺伝子増幅の減弱または検出しないS-gene target failure(SGTF)といわれるパターンが生じた。アメリカにて優勢なSARS-CoV-2系統はSGTFとS-gene target presence(SGTP：検査でS遺伝子陽性)をだいたい交互に繰り返しており、ゲノム配列分析を並行することで新たな変異株の早期モニタリングを容易にしている。SGTFを示すオミクロンBA.5関連亜系統株が優勢であった時期に、SGTPを示すXBB.1.5亜系統株がアメリカ北東部やその他の地域にて急速に拡大した。2021年11月1日～2022年12月24日における全国の週ごとのSGTFおよびSGTPの結果は3,104～83,805(中央値102)、ゲノム配列決定の結果は6,313～69,280(中央値195)であった。2022年12月25日～2023年1月14日における全国の週平均SGTF/SGTPおよび配列決定の結果はそれぞれ5,005、847であり、検体採取からSGTF/SGTPの結果が出るまでの期間は中央値2日でゲノム配列決定の結果が出るまでの期間(中央値16日)よりも短かった。2022年12月24日が週末となる週ではゲノム配列の21.5％がSGTP系統であり(XBB.1.5株11.8％、XBB株4.4％、その他BA.2関連株5.3％)、全国の薬局で検体を収集し民間試験所で検査するプログラムであるIncreasing Community Access to Testing(ICATT)における加重SGTP推定値は20％であった。2023年1月14日が週末となる週ではICATTにおけるSGTP推定値は40％であった。2023年1月13日発表のナウキャスト予測ではSGTP系統の割合は50.6％(XBB.1.5株43.0％、XBB株3.9％、その他BA.2関連株3.7％)であり、その後の1月20日発表では45.5％(XBB.1.5株37.2％、XBB株4.0％、その他BA.2関連株4.3％)に訂正された。SGTPはアメリカ保健福祉省地域別の地域1～3では50％を超え、その他の地域では地域10を除いて20％を超えていた。2023年1月2日までに収集されたICATT検体のゲノム配列分析ではXBB関連415株のうち412株(99％)がSGTPを示し、2022年12月1日～2023年1月2日に収集された検体では、SGTPを示した495株のうち294株(59％)がXBB関連系統であった。ゲノム配列分析はウイルス系統を明確に分類し、新たな出現株をさらに特徴づけるためにゲノムサーベイランスの基準のままではあるが、SGTF/SGTPパターンの継続的なモニタリングはSARS-CoV-2系統のゲノムサーベイランスを補完するのに有用であるように思われる。

References

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