SARS-CoV-2 B.1.526変異株の急な出現と疫学的特徴 ― ニューヨーク州ニューヨーク市、2021年1月1日～4月5日

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MMWR抄訳

2021/05/14Vol. 70 / No. 19

MMWR70(19):712－716
Rapid Emergence and Epidemiologic Characteristics of the SARS-CoV-2 B.1.526 Variant — New York City, New York, January 1–April 5, 2021

SARS-CoV-2 B.1.526変異株の急な出現と疫学的特徴 ― ニューヨーク州ニューヨーク市、2021年1月1日～4月5日

2020年11月、ニューヨーク市エリアにてCOVID-19の原因ウイルスであるSARS-CoV-2の新規の注目すべき変異株(VOI)であるB.1.526が確認され、出現後は急速に拡大している。B.1.526系統には主に2つのサブクレードが確認されており、1つは受容体結合ドメインに複数のSARS-CoV-2抗体によるin vitroでの中和を減弱するE484K変異があり、懸念される変異株(VOC)である南アフリカ型(B.1.351)、ブラジル型(P.1)でも認められている。2021年1月1日～4月5日、Public Health Laboratory(PHL)またはPandemic Response Laboratory (PRL)にて全ゲノムシーケンシング(WGS)が行われた検体数は計9,765検体[PHL：1,186(12％)、PRL：8,579(88％)]であり、市全体で核酸増幅検査(NAAT)にて陽性が確認された症例の3.1％に相当した。WGSが行われた検体は経時的に増加し、4月5日が週末となる週までにNAAT陽性検体の7.7％を占めていた。B.1.1.7変異は1,815検体(19％)にて確認された。B.1.526変異が確認された3,679例(38％)中、2,050例(56％)がE484K変異を保因していた。B.1.526変異株が確認された割合は1月中旬の3％から2月22日には34％となり、3月8日から始まる週には35～45％と平行に推移していた。E484K変異も有するB.1.526変異の割合は急速に増加し、4月5日には検査したすべてのSARS-CoV-2ウイルスの25％を占め、E484K変異がないB.1.526変異の割合は16％であった。B.1.1.7変異株の割合は直近に増加し、4月5日までに36％に達した。他のVOI/VOCは253検体から検出され、その後の分析から除外された(B.1.427/B.1.429変異株166検体、P.1変異株50検体、B.1.525変異株20検体、B.1.351変異株12検体、P.2変異株5検体)。B.1.526変異株感染3,679例の年齢中央値は35歳で、VOI/VOC株に感染していない人に比べ、ブロンクスまたは貧困率の高い地域の住人、黒人/アフリカンアメリカンが多かった。また、2,618例(71％)が症候性であり、104例(4.3％)が入院し、11例(0.5％)が死亡した。これらの割合はVOI/VOC株に感染していない人と比較し、ほぼ同等または低値であった(それぞれ71％、4.1％、0.7％)。B.1.1.7変異株の感染例では入院率が高かった(5.8％)。再感染の可能性は0.5％で、B.1.1.7変異株感染例とB.1.526変異株感染例では有意差は認めなかった。ワクチン接種完了者(mRNAワクチン2回目接種またはウイルスベクターワクチン1回接種から14日以降に検体を採取した症例)32例のうち、8例(25％)にB.1.526変異とE484K変異があり、3例(9％)にB.1.526変異株がありE484K変異はなく、7名(22％)がB.1.1.7変異、14例(44％)がVOI/VOC以外の感染であった。市全域の大規模集団に対しウイルスゲノムデータを適時に収集し、人口ベースのサーベイランスデータを迅速に統合することは、SARS-CoV-2変異株や特定の変異株の出現の影響に関する理解を向上し、公衆衛生上の介入指針として役立つ可能性がある。

References

Lasek-Nesselquist E, Lapierre P, Schneider E, George KS, Pata J. The localized rise of a B.1.526 SARS-CoV-2 variant containing an E484K mutation in New York State. medRxiv [Preprint posted online March 1, 2021]. ＜https://doi.org/10.1101/2021.02.26.21251868＞
West AP, Barnes CO, Yang Z, Bjorkman PJ. SARS-CoV-2 lineage B.1.526 emerging in the New York region detected by software utility created to query the spike mutation landscape. bioRxiv [Preprint posted online February 23, 2021]. ＜https://doi.org/10.1101/2021.02.14.431043＞
Annavajhala MK, Mohri H, Zucker JE, et al. A novel SARS-CoV-2 variant of concern, B.1.526, identified in New York. medRxiv [Preprint posted online February 25, 2021]. ＜https://doi.org/10.1101/2021.02.23.21252259＞
Tegally H, Wilkinson E, Giovanetti M, et al. Detection of a SARS-CoV-2 variant of concern in South Africa. Nature 2021;592:438–43. PMID:33690265 ＜https://doi.org/10.1038/s41586-021-03402-9＞
Grubaugh ND, Gangavarapu K, Quick J, et al. An amplicon-based sequencing framework for accurately measuring intrahost virus diversity using PrimalSeq and iVar. Genome Biol 2019;20:8. PMID:30621750 ＜https://doi.org/10.1186/s13059-018-1618-7＞
Freed NE, Vlková M, Faisal MB, Silander OK. Rapid and inexpensive whole-genome sequencing of SARS-CoV-2 using 1200 bp tiled amplicons and Oxford nanopore rapid barcoding. Biol Methods Protoc 2020;5:a014. PMID:33029559 ＜https://doi.org/10.1093/biomethods/bpaa014＞
Volz E, Mishra S, Chand M, et al.; COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium. Assessing transmissibility of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Nature 2021. PMID:33767447 ＜https://doi.org/10.1038/s41586-021-03470-x＞
Challen R, Brooks-Pollock E, Read JM, Dyson L, Tsaneva-Atanasova K, Danon L. Risk of mortality in patients infected with SARS-CoV-2 variant of concern 202012/1: matched cohort study. BMJ 2021;372:n579. PMID:33687922 ＜https://doi.org/10.1136/bmj.n579＞
Thompson CN, Baumgartner J, Pichardo C, et al. COVID-19 outbreak—New York City, February 29–June 1, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2020;69:1725–9. PMID:33211680 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm6946a2＞
New York City Department of Health and Mental Hygiene. COVID-19: data; COVID-19 vaccines. New York City, NY: New York City Department of Health and Mental Hygiene; 2021. Accessed April 3, 2021. ＜https://www1.nyc.gov/site/doh/covid/covid-19-data-vaccines.page＞