SARS-CoV-2変異株のゲノムサーベイランス：オミクロン株XBB系統およびJN.1系統の流行 ― アメリカ、2023年5月～2024年9月

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MMWR抄訳

2024/10/24Vol. 73 / No. 42

MMWR73(42):938－945
Genomic Surveillance for SARS-CoV-2 Variants: Circulation of Omicron XBB and JN.1 Lineages — United States, May 2023–September 2024

SARS-CoV-2変異株のゲノムサーベイランス：オミクロン株XBB系統およびJN.1系統の流行 ― アメリカ、2023年5月～2024年9月

CDCは、国のゲノムサーベイランスを使用して、オミクロン変異株とその子孫系統を含むSARS-CoV-2の進化を継続して追跡している。今回、SARS-CoV-2系統が主にオミクロン変異株のXBBおよびJN.1の子孫系統の期間であった2023年5月～2024年9月におけるアメリカでの変異株の割合の推定値の傾向についてまとめた。2023年5月14日～2024年9月14日、1％以上の割合で感染しているすべてのSARS-CoV-2系統株は依然としてオミクロン株の子孫系統であった。2023年の夏と秋の変異株の状況はXBB子孫株の同時流行が特徴であり、その多くがスパイクタンパク質受容体結合ドメインで共通の変異を独立して獲得していた。XBB.1.5系統と比較して、EG.5-like系統ではF456L変異を獲得した。FL.1.5.1-like系統、HV.1系統、HK.3-like系統にもF456L変異が含まれており、その他にそれぞれK478R、L452R、L455Fの変異を獲得した。これらの免疫を回避する変異を伴うXBB系統群はいずれも優勢には至らなかったが、XBB.1.16-like系統は2023年5月27日が最終日にあたる2週間、続いてEG.5-like系統は6月24日まで、FL.1.5.1-like系統は8月5日までに、HV.1系統は9月30日まで、HK.3-like系統は11月11日まで、割合が10％を超えた。2023年の冬には、JN.1変異株がアメリカで出現し、急速に優勢株となり、XBB系統から大幅な遺伝的変化を示した(スパイクタンパク質の30を超えるアミノ酸変異)。2024年の春と夏にJN.1の複数の子孫系統がスパイクタンパク質の収斂変異を獲得し、割合が増加し始めた。JN.1と比較して、JN.1.16-like系統にはF456L、KQ.1-like系統にはR346T、KP.2-like系統にはF456LとR346T、KP.2系統にはF456LとQ493Eの変異が含まれた。JN.1の子孫系統の流行で、4月13日までにKQ.1-like系統とKP.2-like系統、5月25日までにKP.3とLB.1-like系統、7月20日までにKP.3.1.1系統などが10％を超える割合に達した。COVID-19症例の急増は複数のXBBおよびJN.1子孫系統が流行した2023年夏と2024年、JN.1が優勢株への移行中の2024年冬に発生した。オミクロン変異株の進行中の進化は、最新のCOVID-19ワクチンの抗原の選択を含む医療対策の開発を指南するための継続的なゲノムサーベイランスの重要性を強調している。

References

DeCuir J, Payne AB, Self WH, et al.; CDC COVID-19 Vaccine Effectiveness Collaborators. Interim effectiveness of updated 2023–2024 (monovalent XBB.1.5) COVID-19 vaccines against COVID-19–associated emergency department and urgent care encounters and hospitalization among immunocompetent adults aged ≥18 years—VISION and IVY networks, September 2023–January 2024. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2024;73:180–8. PMID:38421945 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7308a5＞
Ma KC, Surie D, Lauring AS, et al. Effectiveness of updated 2023–2024 (monovalent XBB.1.5) COVID-19 vaccination against SARS-CoV-2 Omicron XBB and BA.2.86/JN.1 lineage hospitalization and a comparison of clinical severity—IVY network, 26 hospitals, October 18, 2023–March 9, 2024. Clin Infect Dis 2024; Epub August 6, 2024. PMID:39107255 ＜https://doi.org/10.1093/cid/ciae405＞
Ma KC, Shirk P, Lambrou AS, et al. Genomic surveillance for SARS-CoV-2 variants: circulation of Omicron lineages—United States, January 2022–May 2023. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2023;72:651–6. PMID:37319011 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7224a2＞
Lambrou AS, Shirk P, Steele MK, et al.; Strain Surveillance and Emerging Variants Bioinformatic Working Group; Strain Surveillance and Emerging Variants NS3 Working Group. Genomic surveillance for SARS-CoV-2 variants: predominance of the Delta (B.1.617.2) and Omicron (B.1.1.529) variants—United States, June 2021–January 2022. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2022;71:206–11. PMID:35143464 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7106a4＞
Lambrou AS, South E, Ballou ES, et al. Early detection and surveillance of the SARS-CoV-2 variant BA.2.86—worldwide, July–October 2023. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2023;72:1162–7. PMID:37883327 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7243a2＞
Yang S, Yu Y, Xu Y, et al. Fast evolution of SARS-CoV-2 BA.2.86 to JN.1 under heavy immune pressure. Lancet Infect Dis 2024;24:e70–2. PMID:38109919 ＜https://doi.org/10.1016/S1473-3099(23)00744-2＞
Wang Q, Mellis IA, Bowen A, et al. Recurrent SARS-CoV-2 spike mutations confer growth advantages to select JN.1 sublineages. bioRxiv 2024; [Preprint posted online September 16, 2024]. PMID:39259045 ＜https://doi.org/10.1080/22221751.2024.2402880＞
Kaku Y, Yo MS, Tolentino JE, et al.; Genotype to Phenotype Japan (G2P-Japan) Consortium. Virological characteristics of the SARS-CoV-2 KP.3, LB.1, and KP.2.3 variants. Lancet Infect Dis 2024;24:e482–3. PMID:38945150 ＜https://doi.org/10.1016/S1473-3099(24)00415-8＞
Kojima N, Adams K, Self WH, et al.; Investigating Respiratory Viruses in the Acutely Ill (IVY) Network. Changing severity and epidemiology of adults hospitalized with coronavirus disease 2019 (COVID-19) in the United States after introduction of COVID-19 vaccines, March 2021–August 2022. Clin Infect Dis 2023;77:547–57. PMID:37255285 ＜https://doi.org/10.1093/cid/ciad276＞
Food and Drug Administration. Selection of the 2024–2025 formula for COVID-19 vaccines [Briefing document]. Presented at the Vaccines and Related Biological Products Advisory Committee meeting, Silver Spring, MD; June 2, 2024. Silver Spring, MD: US Department of Health and Human Services, Food and Drug Administration; 2024. ＜https://www.fda.gov/media/179003/download＞