SARS-CoV-2変異株のゲノムサーベイランス：オミクロン系統株の流行 ― アメリカ、2022年1月～2023年5月

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MMWR抄訳

2023/06/16Vol. 72 / No. 24

MMWR72(24):651－656
Genomic Surveillance for SARS-CoV-2 Variants: Circulation of Omicron Lineages — United States, January 2022–May 2023

SARS-CoV-2変異株のゲノムサーベイランス：オミクロン系統株の流行 ― アメリカ、2022年1月～2023年5月

CDCは2020年12月以降、全国的なゲノムサーベイランスを使用して、オミクロン変異株をはじめとするCOVID-19パンデミック中に出現したSARS-CoV-2変異株をモニターしている。今回、2022年1月～2023年5月の全国的なゲノムサーベイランスから、アメリカの変異株の割合の傾向をまとめた。オミクロン株は2022年1月2日～2023年5月13日に優勢を維持し、さまざまな派生系統が出現して全国的に優勢になった。BA.1.1系統は2022年1月8日に終了する週までに優勢に達し、続いて3月26日までにBA.2、5月14日までにBA.2.12.1、7月2日までにBA.5が優勢となった。これらの系統の割合は、BA.1.1が2022年2月19日に終わる週までに75.7％でピークに達し、BA.2は4月16日までに73.4％、BA.2.12.1は5月28日までに62.4％、BA.5は8月20日までに86.2％のピーク値を示した。これらの系統の流行は、COVID-19感染者数の急増と一致した。2022年後半では、BA.2、BA.4やBA.5の亜系統(BQ.1やBQ.1.1など)の流行が特徴的であった。これらの系統のいくつかは、スパイク受容体結合ドメイン(RBD)のアミノ酸置換(R346T、K444T、N460K、F486S/Pなど)を独立して獲得していた。個別に優位性を獲得した系統はなかったが、BQ.1(K444TとN460Kの置換を含む)とBQ.1.1(R346T置換も含む)は、2022年12月24日までに合わせて59.3％のピークに達し(BQ.1：22.1％、BQ.1.1：37.2％)、冬の感染者数の急増と一致した。2022年の晩秋にはXBB系統がアメリカで出現し、全国的な発生の割合は5％未満であった。その後、XBB.1.5が2023年1月28日までに全国的に優勢になり、4月1日までに84.1％のピークに達した。2023年5月13日の時点で最も多く流行している系統は、XBB.1.5(61.5％)、XBB.1.9.1(10.0％)、XBB.1.16(9.4％)であった。K478R置換を含むXBB.1.16とXBB.1.16.1(2.4％)、P521S置換を含むXBB.2.3(3.2％)は、その時点で最速の倍増時間を示した。シーケンシング検体の利用可能性の低下につれて、変異株の割合を推定するための分析手法が更新されている。オミクロン系統の継続的な進化は、新たに出現する変異株を監視し、ワクチン開発と治療薬の使用の指針に役立てるために、ゲノムサーベイランスが重要であることを明確にしている。

References

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