培養可能なSARS-CoV-2オミクロンBA.1亜系統株検体とオミクロン以前の変異株検体の比較における高いサイクル閾値の検出 ― サンフランシスコ湾岸地域、カリフォルニア州、2021年7月～2022年3月

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MMWR抄訳

2022/09/09Vol. 71 / No. 36

MMWR71(36):1151－1154
Detection of Higher Cycle Threshold Values in Culturable SARS-CoV-2 Omicron BA.1 Sublineage Compared with Pre-Omicron Variant Specimens — San Francisco Bay Area, California, July 2021—March 2022

培養可能なSARS-CoV-2オミクロンBA.1亜系統株検体とオミクロン以前の変異株検体の比較における高いサイクル閾値の検出 ― サンフランシスコ湾岸地域、カリフォルニア州、2021年7月～2022年3月

2021年末にCOVID-19の原因ウイルスであるSARS-CoV-2で感染力の強いB.1.1.529(オミクロン)変異株が出現する前、いくつかの研究では、リアルタイムRT-PCR検査にてサイクル閾値(Ct)の高いSARS-CoV-2検体は培養しにくいことが示されていた(ウイルスRNA量が少ないことが示唆される)。CDCはCt値とオリジナル検体の感染ウイルス量を相関させる試みを推奨していないが、Ct値は臨床、公衆衛生、研究の場では時々、ウイルス培養を評価しない時の感染力の代理マーカーとして用いられる。今回の分析では縦断コホート研究の一環として、サンフランシスコ湾岸地域に居住する入院をしなかったSARS-CoV-2検査陽性者とその家族(最初の症状発現から5日以内、無症状の場合は最初のRNA検査陽性)を被験者とし、被験者が最初の発症から2週間、1日1回、自己採取した鼻腔検体を収集した。SARS-CoV-2ヌクレオカプシド(N)およびエンベロープ(E)遺伝子を標的としたリアルRT-PCR検査にてRNAを検出、Ct値を決定し、また、全ゲノム配列により感染の変異株および亜系統を特定し、組織培養における細胞変性効果により培養可能なウイルスの有無を評価した。計124名(オミクロン変異株(亜系統はすべてBA.1)17名、オミクロン前の変異株107名)より1,147検体(それぞれ149検体、998検体)が採取された。発症後の検体採取のタイミングはどちらの株も中央値8日であった。オミクロンBA.1感染者のうち9名(53％)は成人、10名(59％)はワクチン完全接種者であり、オミクロン前の感染者では92名(86％)が成人、35名(33％)がワクチン完全接種者であり、どちらの感染者もほぼ全例に症状を認めた(それぞれ16/17名、100/107名)。すべての検体にて、E特異的Ct値はオミクロンBA.1検体にて有意に高く(Ct値の差4.45)、RNA陽性検体に限定した分析でも同様の傾向を認めた(Ct値の差3.90)。培養可能なウイルスが検出された検体の割合は、ほぼ同等であり(オミクロンBA.1株76％、オミクロン前の変異株71％)、検体全体の割合も同等であった(それぞれ26％、30％)。ウイルス陽性検体のうちE特異的Ct値はオミクロンBA.1検体にて有意に高く(Ct値の差5.77)、この差は発症3日後～8日後までの早い時期に認められた。以上のデータから、Ct値はSARS-CoV-2変異株間における感染力の代理指標とならない可能性が示された。

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