SARS-CoV-2変異株のゲノムサーベイランス：デルタ株(B.1.6.17.2)およびオミクロン株(B.1.1.529)の優勢 ― アメリカ、2021年6月～2022年1月

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MMWR抄訳

2022/02/11Vol. 71 / No. 6

MMWR71(6):206－211
Genomic Surveillance for SARS-CoV-2 Variants: Predominance of the Delta (B.1.617.2) and Omicron (B.1.1.529) Variants — United States, June 2021–January 2022

SARS-CoV-2変異株のゲノムサーベイランス：デルタ株(B.1.6.17.2)およびオミクロン株(B.1.1.529)の優勢 ― アメリカ、2021年6月～2022年1月

2020年11月、CDCは国およびアメリカ保健福祉省(HHS)地域レベルにてSARS-CoV-2の系統を追跡するため、ゲノムサーベイランスプログラムを拡大し、さらに全国ゲノムサーベイランスコンソーシアムであるSARS-CoV-2 Sequencing for Public Health Emergency Response, Epidemiology, and Surveillance(SPHERES)を開始した。現在、アメリカのゲノムサーベイランスプログラムは3つのSARS-CoV-2配列データの情報源に統合しており[(1)National SARS-CoV-2 Strain Surveillance(NS3)プログラム、(2)CDCと契約した商用配列データ、3)Global Initiative on Sharing All Influenza Data(GISAID)、National Center for Biotechnology Information(NCBI) GenBankなどの公的ゲノムデータリポジトリのベースラインサーベイランス]、地理的代表性および変異株の割合推定の精度を高め、サーベイランスプログラムの持続可能性を強化するため、2021年10月にSARS-CoV-2配列データのタグ付けも開始している。今回、2021年6月～2022年1月におけるSARS-CoV-2ゲノム配列の分析による流行変異株の割合について要約する。2021年6月、変異株の割合が顕著に変化し、アルファ株(B.1.1.7およびQ亜種)は全国的に減少を続け、ガンマ株(P.1および子孫株)は2021年6月5日に終わる週にピークに達し(12.1％)、後に減少した。ミュー株(B.1.621)およびラムダ株(C.37)は6月19日に終わる週にピーク(それぞれ4.5％、0.6％)まで増加し、その後減少に転じ、デルタ株(B.1.617.2およびAY亜種)が優勢となった(50％超)。デルタ株は5月1日に終わる週には1％であったが、6月26日に終わる週には50％を超え、7月31日に終わる週までには95％超に増加し、HHSの全10地域にて95％を超え、各地域で24週間以上にわたり50％超えのままであった。12月1日、オミクロン株のアメリカでの初発感染例が報告された後、急速に割合が増加し、12月11日に終わる週では全国で1％を超え、12月25日に終わる週には50％超、2022年1月8日に終わる週には95％超であった。2022年1月22日に終わる週では、オミクロン株が推定99.2％、デルタ株が0.7％となった。地域7ではデルタ株の割合が最も高く(3.0％)、オミクロン株の割合が最も低く(97.0％)、地域9ではオミクロン株の割合が最も高く(99.8％)、デルタ株の割合が低かった(0.2％)。オミクロン株の初期の推定倍加時間は3.2日であり、デルタ株(7.2日)、アルファ株(11.0日)、ガンマ株(13.1日)、ミュー株(14.7日)に比べ速く、全国の感染の1％から99％に6週間で上昇した(デルタ株は18週間)。このSARS-CoV-2変異株に関する動的状況は、公衆衛生上の計画と実施のために情報をもたらす上で、確固たるゲノムサーベイランスの重要性を強調している。

References

Galloway SE, Paul P, MacCannell DR, et al. Emergence of SARS-CoV-2 B.1.1.7 lineage—United States, December 29, 2020–January 12, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:95–9. PMID:33476315 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7003e2＞
Paul P, France AM, Aoki Y, et al. Genomic surveillance for SARS-CoV-2 variants circulating in the United States, December 2020–May 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:846–50. PMID:34111060 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7023a3＞
Rambaut A, Holmes EC, O’Toole Á, et al. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol 2020;5:1403–7. PMID:32669681 ＜https://doi.org/10.1038/s41564-020-0770-5＞
CDC COVID-19 Response Team. SARS-CoV-2 B.1.1.529 (Omicron) variant—United States, December 1–8, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:1731–4. PMID:34914670 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7050e1＞
CDC. Science brief: COVID-19 vaccines and vaccination. Atlanta, GA: US Department of Health and Human Services, CDC; 2021. Accessed January 21, 2022. ＜https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/fully-vaccinated-people.html＞
CDC. Delta variant: what we know about the science. Atlanta, GA: US Department of Health and Human Services, CDC; 2021. Accessed January 21, 2022. ＜https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/variants/delta-variant.html＞
UK Health Security Agency. SARS-CoV-2 variants of concern and variants under investigation in England. Technical briefing 33. London, United Kingdom: UK Health Security Agency; 2021. ＜https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/1043807/technical-briefing-33.pdf＞
Collie S, Champion J, Moultrie H, Bekker LG, Gray G. Effectiveness of BNT162b2 vaccine against Omicron variant in South Africa. N Engl J Med 2021. Epub December 29, 2021. PMID:34965358 ＜https://doi.org/10.1056/NEJMc2119270＞
CDC. Science brief: Omicron (B.1.1.529) variant. Atlanta, GA: US Department of Health and Human Services, CDC; 2021. Accessed January 21, 2022. ＜https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/science/science-briefs/scientific-brief-omicron-variant.html＞
Kirby AE, Welsh RM, Marsh ZA, et al.; New York City Department of Environmental Protection. Notes from the field: early evidence of the SARS-CoV-2 B.1.1.529 (Omicron) variant in community wastewater— United States, November–December 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2022;71:103–5. PMID:35051130 ＜https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7103a5＞