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MMWR抄訳
2021/06/11Vol. 70 / No. 23
MMWR70(23):846-850
Genomic Surveillance for SARS-CoV-2 Variants Circulating in the United States, December 2020–May 2021
アメリカ国内を循環するSARS-CoV-2変異株のゲノムサーベイランス、2020年12月~2021年5月
COVID-19の原因ウイルスであるSARS-CoV-2は絶えず変異し、新たな変異株を生み出している。2020年11月、CDCはゲノムシークエンスを用いたSARS-CoV-2変異株の全国サーベイランスを確立し、2021年5月6日の時点で2020年12月20日~2021年5月6日にアメリカの55カ所の管轄地域で採取されたSARS-CoV-2陽性検体(177,044件)のシークエンスがCDCに報告されている。変異株はCOVID-19の重症度、伝播、診断、治療、自然免疫やワクチン誘導免疫に影響する可能性があり、SARS-CoV-2の注目すべき変異株(VOI)、懸念すべき変異株(VOC)の出現、拡大、さらに社会的影響が極めて重大な変異株(VOHC)出現の可能性から、COVID-19パンデミックの循環ウイルスを監視し、公衆衛生対応の指針として役立てるため、安定したゲノムサーベイランスは必要性が示唆されている。CDCの国家SARS-CoV-2ゲノムサーベイランスプログラムには、National SARS-CoV-2 Strain Surveillance(NS3)プログラムと契約している民間の研究所からのゲノムシークエンスが含まれる。アメリカのすべての管轄区域(50州、ワシントンDC、アメリカの8つの海外領土と自由連合加盟国)には直近の7日間に収集された目標数の検体の提出が求められ、NS3と民間検査機関が受け取った検体に基づいたゲノムサーベイランスデータはアメリカで循環するウイルスを監視するため、毎週、分析された。2021年5月6日の時点で、2021年1月2日までの2週間に採取された検体からは3,275の配列、2021年4月24日までの2週間に採取された検体からは約25,000(約6倍)の配列が含まれていた(CDCに報告されたRT-PCR陽性例のそれぞれ0.1%、3.1%に相当)。B.1.1.7 VOCは1月2日までの2週間にアメリカでの推定感染率は約0.2%であったが、4月24日までの2週間では66.0%まで増加し、この期間、B.1.1.7変異株の推定感染率は地域によって異なり、50.9%[アメリカ保健福祉省(HHS)地域1]~74.1%(HHS地域6)であったが、急速な拡大はB.1.1.7が優勢な変異株になる可能性があるというモデルベース予測と一致し、ナウキャストモデルでは2021年4月25日~5月8日の2週間の感染のうち、B.1.1.7が72.4%を占めると推定された。また、P.1 VOCは1月30日までの2週間に初めて出現し、4月24日までの2週間では感染の5.0%を占めると推定され、その幅は1.6%(HHS地域3)~1.6%(HHS地域5)であった。以上、サーベイランスにより、新たな変異株が出現し、優勢となる可能性が示され、安定したゲノムサーベイランスの重要性が示された。SARS-CoV-2変異株の臨床的、公衆衛生的影響を明らかにすることを協力して進めることで、サーベイランスがアメリカにおけるCOVID-19パンデミックを制御するための介入の指針に役立つ可能性がある。
References
- CDC. SARS-CoV-2 variant classifications and definitions. Atlanta, GA: US Department of Health and Human Services, CDC; 2021. <https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/cases-updates/variant-surveillance/variant-info.html>
- Rambaut A, Holmes EC, O’Toole Á, et al. A dynamic nomenclature proposal for SARS-CoV-2 lineages to assist genomic epidemiology. Nat Microbiol 2020;5:1403–7. PMID:32669681 <https://doi.org/10.1038/s41564-020-0770-5>
- Galloway SE, Paul P, MacCannell DR, et al. Emergence of SARS-CoV-2 B.1.1.7 lineage—United States, December 29, 2020–January 12, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:95–9. PMID:33476315 <https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7003e2>
- Davies NG, Abbott S, Barnard RC, et al.; CMMID COVID-19 Working Group; COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium. Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Science 2021;372:eabg3055. PMID:33658326 <https://doi.org/10.1126/science.abg3055>
- Public Health England. Investigation of novel SARS-CoV-2 variant: variant of concern 202012/01. Technical briefing 3. London, United Kingdom: Public Health England; 2020. <https://assets.publishing.service.gov.uk/government/uploads/system/uploads/attachment_data/file/959360/Variant_of_Concern_VOC_202012_01_Technical_Briefing_3.pdf>
- Thompson CN, Hughes S, Ngai S, et al. Rapid emergence and epidemiologic characteristics of the SARS-CoV-2 B.1.526 variant—New York City, New York, January 1–April 5, 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:712–6. PMID:33983915 <https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7019e1>
- Martin Webb L, Matzinger S, Grano C, et al. Identification of and surveillance for the SARS-CoV-2 variants B.1.427 and B.1.429— Colorado, January–March 2021. MMWR Morb Mortal Wkly Rep 2021;70:717–8. PMID:33988184 <https://doi.org/10.15585/mmwr.mm7019e2>
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